"Det är slut på straffrihet för mäns machoagerande", skriver vice premiärministern Yolanda Diaz på X, tidigare Twitter.
Diaz skriver att regeringen nu måste agera och att Luis Rubiales inte kan stanna kvar som fotbollsordförande.
Premiärminister Pedro Sanchez sade tidigare i veckan att en ursäkt från Rubiales inte var tillräcklig efter att han kysst VM-hjälten Jenni Hermoso på munnen efter VM-finalen mot England, som Spanien vann.
Det internationella spelarfacket Fifpro skriver i ett uttalande att man välkomnar Internationella fotbollsförbundets beslut att utreda Rubiales, men att man också skrivit ett brev till Europeiska fotbollsförbundet Uefa, där Rubiales är vice ordförande, och bett dem starta ett disciplinärende.
"Att inte ta till åtgärder mot herr Rubiales beteende skulle sända ett oacceptabelt och skadligt budskap till fotbollsindustrin och samhället i stort", skriver Fifpro på sin webbplats.