En spelare i laget återvände nyligen från Sydafrika, där omikron först upptäcktes.
"Vi är i karantän allihop förutom ungdomslaget som inte spelade i lördags. 44 sitter isolerade hemma", säger en talesperson för klubben.
Beskedet kommer två dagar efter Belenenses skandalmatch mot topplaget Benfica. Matchen spelades trots att Belenenses bara kunde ställa upp med nio spelare på grund av coronautbrottet.
Gästerna ledde med 7–0 efter första halvlek. Efter pausvilan kom bara sju hemmaspelare ut för spel eftersom två vägrade. Några minuter in i andra halvlek klev sedan målvakten João Monteiro av med en påstådd skada – varpå domaren avbröt tillställningen.
Ordförandena för både Benfica och Belenenses skyllde på ligan och hälsomyndigheten DGS att matchen överhuvudtaget spelades.
DGS säger i ett uttalande att det inte är upp till dem att skjuta fram matcher, och det portugisiska fotbollsförbundet sade i helgen att Belenenses inte kommit med en formell begäran att matchen skulle skjutas upp.
Men klubbordförande Rui Pedro Soares svarade att de under lördagen meddelat detta och fått till svar att laget var tvunget att ställa upp, annars skulle de förlora på walk over och riskerat att bli straffade med poängavdrag.