Det säger hon efter att under tisdagen ha pratat med Hoekstra.
"Hoekstra har stor erfarenhet av Europafrågor, han har varit biträdande premiärminister i Nederländerna och utrikesminister sedan 2022", skriver Ursula von der Leyen i ett uttalande.
Hoekstra från Nederländerna skulle därmed ersätta Frans Timmermans som återgår till inrikespolitik i Nederländerna.
Timmermans, som avgått som EU-kommissionär, var också vice ordförande i EU-kommissionen sedan han länge var en av kandidaterna att bli EU-kommissionens ordförande.
Kristdemokraten 47-årige Hoekstra tillhör, precis som von der Leyen, den dominerande högergruppen, konservativa EPP, i Europaparlamentet.
Utnämningen av Hoekstra kan väcka kritik främst från vänstergrupperna inom EU-parlamentet. Timmermans hade starkt stöd inom socialdemokratiska gruppen, och han återvänder till Nederländerna för att leda socialdemokratiska partiet i nästa val.