"Det är mycket glädjande att krisförordningen, som är en viktig pusselbit i asyl- och migrationspakten, nu har antagits av rådet", säger migrationsminister Maria Malmer Stenergard (M) i ett skriftligt meddelande efter beskedet.
Den så kallade krisförordningen var den sista delen i den omfattande pakten, skriver nyhetsbyrån AFP. Beslutet togs när EU-ambassadörerna möttes i dag.
Ett tidigare förslag förkastades i sista stund av Italien, som var missnöjt med skrivning om hur frivilligorganisationer kan vara aktiva för att hjälpa nödsatta migranter på främst Medelhavet.
Enligt Italien lockas migranter att ta sig över Medelhavet på grund av hjälporganisationers närvaro.
Tyskland i sin tur försvarade hjälporganisationernas närvaro då de räddar liv.
Detaljer i den slutgiltiga kompromissen mellan EU-länderna är inte offentliggjorda, men Spanien kunde ändå jubla "Uppgörelse" på X, före detta Twitter.
Därmed har EU-ländernas representanter godtagit hela migrationspakten som behandlats i EU-parlamentet och av EU-kommissionen.
Den sista delen om krisregler handlade om hur EU ska agera vid en akut migrantkris, likt den som inträffade 2015–2016.
Europaparlamentet, EU-kommissionen och EU-länderna ska nu enas om en gemensam utformning.
"Nu kan vi ta oss vidare i trepartsförhandlingarna mellan rådet, kommissionen och parlamentet. Det är viktigt att pakten kommer på plats, för att säkerställa ordning och reda vid EU:s yttre gräns och minskad invandring", anser minister Malmer Stenergard.
